テキストファイルを1行ずつ読み込んだ場合、行の最後には改行コードが含まれています。
それをそのまま使用すると不具合の元になるので、改行コードは取り除いておいたほうが良いでしょう。

PHPで文字列の改行コードを取り除く方法をご紹介します。

変数$strの中に含まれている改行コード(3パターン)を取り除いて、再度$strに代入しています。

$str = str_replace(array("\r\n","\n","\r"), '', $str)

これでバッチリです。